Лично мне кажется, что этот "баг" не имеет отношения к действиям cm_GoToLastFile и cm_GoToFirstFile.
Скорее, это вовсе и не баг, а возможность. Которой лично я очень часто пользуюсь. Иногда бывает нужно для чего-нибудь открыть именно проводник windows в текущей директории. И очень удобно это делать именно описанным способом - поставить курсор в пустую командную строку и нажать "Enter"

Мне лично непонятно, для чего может понадобиться такое сочетание действий - сначала перевести фокус на командную строку, потом сочетанием клавиш выделить файл, а потом запустить его нажатием Enter. Не думаю, что проблема возникает слишком часто. И решить её не особо сложно - надо просто убрать фокус из командной строки. Достаточно просто щёлкнуть мышкой на файл, или два раза нажать "TAB".
Можно, конечно, просить разработчиков сделать ещё одну опцию в настройках - что делать при нажатии на Enter, если фокус в командной строке, и строка пустая. Но настолько ли часто встречается такая ситуация, чтобы добавлять опцию в настройки, где их и без того немало? На мой взгляд, это не нужно.
Совсем убирать открытие папки в проводнике тоже не стоит - это востребованная функциональность.